有人島として日本最南端の島であるとともに、民間人が日常的に訪問できる日本最南端の地[3]でもあり、「日本最南端の碑」と「日本最南端平和の碑」が建てられている。また、島内にある波照間郵便局は「日本最南端の郵便局」である。
緯度が低く、日本国内では南十字星を好条件で観測できる数少ない島であり、高那崎に程近い島の南海岸には星空観測タワーが立つ。周囲に人工的な灯りが極めて少ないため、他所では見えにくい星を肉眼で観測することができる。同タワーには200mmの屈折式天体望遠鏡やプラネタリウムが設置され、観光客の見学が可能である。
波照間島のさらに南に「南波照間島」（パイパティローマ）があるという伝説がある。重税から逃れるため、1648年に島人が南波照間島に渡ったという伝聞が、琉球王府の記録である『八重山島年来記』に記されている。
波照間島にはサキシマハブなどハブ類は生息していない。また島内には信号機が一箇所も設置されていない。
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